Los órganos del partido se regulan en el artículo 3º de los Estatutos, y son:
-La Asamblea General, órgano supremo de representación de ÁGORA, compuesto por unos delegados elegidos democráticamente, cuyas funciones principales son fijar las directrices del partido, elegir al Presidente y a los demás órganos de gobierno, reformar los Estatutos y disolver el partido.
-El Presidente, órgano unipersonal, máximo representante legal y político del partido, coordinador de las Federaciones y Agrupaciones, símbolo del digitalismo, custodia toda la documentación oficial y toma todas las medidas urgentes en circunstancias extraordinarias.
-La Junta Central, es el máximo órgano entre Asambleas. Toma las máximas decisiones electorales del partido, aprueba o ratifica los reglamentos e impulsa lo acordado por la Asamblea. Sino existiera un Comité Ejecutivo Central, asume sus funciones.
-El Comité Ejecutivo Central, de carácter voluntario a propuesta y mediante designación directa del Presidente, es el órgano de gobierno y administración ordinaria de ÁGORA. Tiene como competencias todas aquellas no expresamente atribuidas a otros órganos, entre otras la creación de Secciones y Comisiones, el nombramiento de directores, delegados y coordinadores y la disolución de Federaciones y Agrupaciones por motivos de interés general o grave daño al partido, nombrando en su caso a una Comisión Gestora.
-El Comité Electoral aprueba la lista electoral encabezada por el candidato a la Presidencia del Gobierno y la del Parlamento Europeo, y ratifica las listas de los Comités Electorales Provinciales.
-El Comité de Garantías Estatutarias, compuesto por juristas y politólogos, es el órgano que vela por la legalidad del partido, resolviendo los recursos de amparo presentados por los afiliados para la defensa de sus derechos, los recursos antiestatutarios por la vulneración de disposiciones estatutarias y recursos jurídico-políticos por los cuales se adopta un informe no vinculante sobre cuestiones de actualidad y el choque de intereses personales y políticos.
-La Comisión de Cuentas administra, fiscaliza y controla el régimen financiero y patrimonial de ÁGORA, siendo su presidente el responsable económico-financiero del partido a efectos legales.
Actualmente, la Junta Central y el resto de órganos como son el Comité Electoral, el Comité de Garantías Estatutarias y la Comisión de Cuentas, tras la Asamblea General Extraordinaria del pasado 20 de junio de 2020, está compuesta por:
-Su presidente: David Ingelmo Rodríguez. Politólogo.
-Vocal: María A. Rodríguez. Pensionista
-Vocal: Manuel d.C. Rodríguez. Autónomo.