El partido se organiza territorialmente en Federaciones autonómicas y Agrupaciones provinciales, comarcales, municipales o de distrito.
Actualmente, se encuentra activa la federación andaluza, el Partido Ágora de Andalucía, que participa en la plataforma de coalición Conecta Andalucía.
También se encuentra activa la Agrupación de Málaga capital y de su distrito de Cruz de Humilladero, donde tiene representación en su Consejo Territorial de Participación Ciudadana.